L’exploitation intensive du nickel a transformé la biodiversité microbiennedu lagon de Thio en Nouvelle-Calédonie

© Robin Quéré
Une étude menée par des scientifiques de l’Ifremer, de l’IRD,
des universités de Bretagne occidentale (UBO) et de
Bordeaux, du CNRS et de l’Université de Tartu (Estonie)
révèle l’impact de l’exploitation minière du nickel sur les
écosystèmes côtiers de Nouvelle-Calédonie. Publiés dans la
revue Communications Earth & Environment, ces travaux
montrent qu’à partir des années 1950, la mécanisation de
l’exploitation des mines a entraîné une forte augmentation
des apports de sédiments dans le lagon de Thio et un
bouleversement des communautés microbiennes, qui
perdure aujourd’hui. Si les mesures environnementales
mises en place depuis les années 1975 ont permis de réduire
les apports de sédiments directement liés à l’extraction du
minerai de nickel dans ce lagon, l’importante érosion des
sols à l’échelle du bassin versant continue d’impacter
aujourd’hui l’écosystème du lagon de Thio.
Communiqué de presse
16 juin 2026 2 / 3
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Les activités humaines menées à terre ont des conséquences directes sur les
milieux marins côtiers, mais ces impacts restent mal quantifiés sur le long terme.
A travers le projet ECOMINE initié en 2022, les scientifiques ont cherché à
comprendre comment et à quel point les transformations des paysages
terrestres peuvent se transmettre jusqu’aux écosystèmes marins via les rivières.
Ils ont concentré leur effort sur une zone côtière située en aval de la rivière de
Thio sur la côte est, là où se situe le premier gisement de nickel exploité dans
l’histoire de la Nouvelle-Calédonie.
« Nous avons choisi ce site car le bassin versant amont présente peu
d’urbanisation et peu d’activités agricoles. Cela nous a permis d’isoler
clairement l’impact de l’exploitation minière sur les communautés
microbiennes qui composent la base de la chaîne alimentaire de cet
écosystème côtier. Tout changement de composition de ce compartiment de
la biodiversité marine peut avoir un impact sur l’ensemble des autres
espèces », explique Raffaele Siano, chercheur génomique
environnementale à l’Ifremer et promoteur de cette recherche.
Pour retracer l’histoire environnementale du site, ils ont analysé une carotte de
sédiment prélevée en 2022 dans le lagon à 1 km de la côte. Véritable archive
naturelle, cet échantillon de 2,26 m de long a permis de remonter près de
1 000 ans en arrière et de suivre l’évolution du milieu marin avant, pendant et
après l’essor de l’activité minière.
Les scientifiques ont daté et analysé la composition chimique des sédiments,
notamment les concentrations en nickel et autres métaux, mesuré la taille des
particules sédimentaires et les taux de sédimentation, caractérisé les
assemblages de foraminifères et passé au crible l’ADN sédimentaire ancien.
Cette approche multidisciplinaire a permis de suivre simultanément les
changements physiques, chimiques et microbiologiques de l’écosystème côtier
au cours du temps.
UNE RUPTURE BRUTALE DANS LES ANNÉES
1950
L’étude montre que l’exploitation minière, débutée en 1875, a progressivement
modifié les apports de sédiments vers le lagon. Elle met en évidence un tournant
majeur à partir des années 1950, avec la mécanisation des outils d’extraction.
Cette période correspond à une forte accélération de l’érosion des sols chargés
en nickel qui, via le transport par les rivières, se sont accumulés dans le lagon
proche. Entre 1950 et 1975, environ 27 millions de tonnes de déchets (stériles)
miniers ont été déversées dans le bassin versant de Thio.
« Pendant des siècles, les communautés microbiennes marines sont restées
relativement stables. Mais après la mécanisation de l’exploitation minière, les
taux de sédimentation ainsi que la concentration en nickel dans le lagon ont
été multipliés par 5 et la biodiversité microbienne s’est brutalement
appauvrie », constate Mathisse Meyneng, chercheuse postdoctorale à
l’Ifremer, spécialiste en paléoécologie et génomique environnementale.
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Les scientifiques observent dans plusieurs échantillons de la période 1950-1975,
la disparition totale de foraminifères, dont certains sont très sensibles aux
perturbations environnementales. En revanche, des microalgues plus tolérantes
telle que Desmodesmus, jamais détectée auparavant dans les sédiments
anciens, deviennent dominantes.
« Les règles environnementales et les mesures prises par les exploitants
miniers à partir de 1975 ont permis de réduire de manière importante les
apports en sédiments liés au processus d’extraction minière, dans le lagon de
Thio. Mais le taux de sédimentation reste encore aujourd’hui très élevé avec
une moyenne de 0,9 cm/an, contre 0,1 cm/an avant l’exploitation, détaille
Hugues Lemonnier, chercheur en biologie marine à l’Ifremer et
responsable scientifique du projet Ecomine. Certaines communautés
microbiennes ont recolonisé progressivement le milieu, signe de l’efficacité
des mesures de gestions mises en œuvre, sans pour autant permettre, pour
le moment, de retrouver leur composition d’origine ».
La carotte sédimentaire prélevée à Thio n’a pas encore livré tous ses secrets.
Les scientifiques poursuivent leurs analyses et cherchent notamment à
comprendre l’origine des taux de sédimentation encore élevés qui sont
aujourd’hui observés et qui ne sont pas uniquement associés à l’activité minière
récente. Ils étudient en particulier l’impact des feux de la végétation qui sont
récurrents et connus pour favoriser l’érosion des sols.
L’ADN ANCIEN AU SERVICE DE L’HISTOIRE
ENVIRONNEMENTALE
Pour mener cette enquête sur le passé du lagon, les scientifiques ont utilisé des
techniques de pointe basées sur l’analyse de l’ADN ancien contenu dans les
sédiments marins. Cette approche, appelée paléogénétique, permet de
reconstituer l’évolution de la biodiversité au fil du temps. Elle avait permis de
révéler en 2021 les impacts de la seconde guerre mondiale et de l’agriculture
intensive sur les communautés microbiennes dans la rade de Brest. Dans cette
nouvelle étude, les scientifiques démontrent une fois encore le potentiel de cette
approche paléogénétique.
MIEUX PROTÉGER LES ÉCOSYSTЀMES CÔTIERS
Au-delà du cas de la Nouvelle-Calédonie, cette étude rappelle à quel point les
milieux terrestres et marins sont étroitement liés. Les scientifiques plaident pour
une gestion plus intégrée du « continuum terre-mer », notamment dans des
régions soumises à une forte activité humaine. Ils appellent également à
renforcer et développer les programmes d’observation côtière pour mieux suivre
l’évolution de la biodiversité, évaluer l’efficacité des politiques de gestion
environnementale et comprendre la capacité de résilience des écosystèmes
côtiers face aux pressions anthropiques.
Consulter l’article scientifique : Meyneng, M., Lemonnier, H., Ansquer, D. et
al. Coastal ecosystem degradation driven by decades of unregulated terrestrial
mining. Commun Earth Environ 7, 494 (2026). https://doi.org/10.1038/s43247-
026-03677-8